Сюжет F.E.A.R. 2: Project Origin начинается за пол часа до конца первой части. Главный герой игры, Майкл Беккет, в составе отряда «Дельта» направлен на арест Женевьевы Аристид, но спецоперацию прерывает взрыв реактора, в результате которого Беккет теряет сознание и оказывается на операционном столе, где ему «дарят» возможность замедлять время.
Возле входа в школу можно увидеть имя «Альма», сложенное из выпавших букв билборда.
Так же отсылку к Альме можно увидеть в виде рисунка в одном из классов, на нем она будет изображена среди других учеников.
В школе можно найти несколько детских журналов, которые называются «Потроха».
В игре встречается чистящее средство с названием «Almaguna Cleanya», что можно перевести как «Альма зачистит тебя».
Логотип «Армахем» часто встречается на обложках книг.
В качестве отсылок к разработчикам игры можно найти виски с названием «Monolith» и журнал «Monolith’s Inside the Developer».
Отсылки к разработчикам часто встречаются в игре, например Натана Хендриксона, дизайнера проекта, можно увидеть на постере фильма «Змеиный Кулак 5», а картину «Neutral Landscape» нарисовал художник Monolith — Стив Ли.
Внешность Терри Хэлфорда срисована с Джона Малки, дизайнера игры.
В F.E.A.R. 2: Project Origin есть объявления о серийном убийце — это отсылка к серии Condemned, другому проекту студии Monolith, главный герой которого расследовал дело о «Серийном Убийце Икс»
На одной из газет можно прочитать запись «UCA talks continue», это отсылка и игре Shogo, где была мегакорпорации UCA.
